Escriu per cercar…

Panda3D

Dibuja una proteína en tres dimensiones leyendo las coordenadas de los átomos de un fichero PDB.

Codi

Introducción

Un fichero PDB es una lista de coordenadas.

Panda3D dibuja cosas en las coordenadas que le dices.

Esta página une las dos mitades: lees el fichero con Python y pones una esfera en cada átomo.

El resultado no es un programa complicado. Son cincuenta líneas.

Esto es la insulina humana, la misma hormona que has visto en Structure, ahora con sus 411 átomos en el lugar donde están de verdad.

Entorno de trabajo

Crea un proyecto nuevo con uv y añádele Panda3D:

ps
uv init protein3d
Initialized project `protein3d` at `C:\Users\eva\protein3d`

cd protein3d
uv add panda3d
Using CPython 3.14.3
Creating virtual environment at: .venv
Resolved 2 packages in 2ms
Installed 1 package in 17ms
 + panda3d==1.10.16

Ahora descárgate la insulina humana de Protein Data Bank. Su código es 3I40:

ps
iwr https://files.rcsb.org/download/3I40.pdb -OutFile 3i40.pdb

Abre el proyecto con Bàsic.

Leer los átomos

Ya sabes encontrar las líneas ATOM de un fichero PDB.

Lo que te falta es sacar los números, y aquí la clave es que el formato PDB es de columnas fijas: cada campo ocupa siempre las mismas posiciones de la línea.

ATOM      1  N   GLY A   1     -27.279   6.238 -12.314  1.00 45.01           N

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